在一轮又一轮的刑讯逼供下，杨乃武终究肉体凡胎，无力抵挡，被迫承认了与小白菜通奸，并用砒霜毒杀了葛品连。至于至关重要的砒霜来源，杨乃武被逼无奈，只得编织了一个谎言，说是从仓前镇“爱仁堂”药铺店主钱宝生那里，借口灭鼠而购得。
陈鲁闻得这般“口供”，大感满意，认为此案已了结，迅速做出裁决，判处杨乃武死刑立即执行，小白菜则被判凌迟处死。随后，他将该案结果上报给了浙江臬司蒯贺荪。
浙江臬司蒯贺荪接手此案后，内心产生了疑窦。同样是举人出身的他难以接受，一个刚刚步入仕途的新科举人，会为了一个女人而甘愿放弃大好前程，甚至不惜以身犯险。毕竟，对于杨乃武而言，中举就意味着未来充满无限可能。
为此，蒯贺荪决定亲自复审杨乃武和小白菜。然而，他所不知的是，这对饱受摧残的男女，早已在严刑之下耗尽了所有的抵抗意志。面对蒯贺荪的审讯，回忆起过往的种种黑暗遭遇，他们已经万念俱灰，只求速死，不愿再忍受更多的皮肉煎熬以换取翻案的机会。因此，蒯贺荪得到的依然是之前的“供词”，丝毫未能动摇原先的判决。
蒯贺荪为进一步核实案情，特意召见了余杭知县刘锡彤和杭州知府陈鲁，询问他们在审讯过程中的具体情况，是否有违法操作或冤枉无辜。然而，急于结案的两人，怎么可能承认曾滥用酷刑迫使无辜者认罪？他们一致保证，此案铁板钉钉，不存在任何冤情。
蒯臬司面对如此局面，只能摇头惋惜，感叹这位年轻的新科举人真是误入歧途。无奈之下，他只能按照司法程序，将案卷递交给浙江巡抚杨昌溶审核。
鉴于杨乃武曾经的身份，杨昌溶不敢轻忽，特派候补知县郑锡滓乔装打扮，秘密前往余杭暗中查访。然而，意想不到的是，郑锡滓不仅没有深入调查，反而一头扎进刘锡彤家享受美食美酒，收受了刘锡彤的贿赂，对杨乃武供述的药铺“爱仁堂”及其伙计“钱宝生”（实为钱坦）的真实情况置若罔闻。事实上，这名“钱宝生”是当地乡绅陈竹山找来的替罪羊，他受到恐吓后不得不违心承认卖给杨乃武砒霜。
酒足饭饱的郑锡滓返回杭州后，竟拍着胸脯担保此案确系“公正无私”，毫无冤情可言。杨昌溶见状，基于现有“证据”及郑锡滓的调查报告，认为此案证据充分，遂迈出最后一步，将此案正式上报朝廷，等待刑部的回文核准执行杨乃武和小白菜的死刑。
眼看杨乃武和小白菜的命运即将走向绝望的终点，几乎所有人都认为翻案希望渺茫。
故事并未就此落幕，一场惊天逆转正在悄然酝酿，等待着揭开真相的那一刻。
就在各级官员翘首期盼刑部的审批回复期间，身处囹圄、心如死灰的杨乃武，在胞姐杨菊贞竭力恳求与激励下，强忍绝望，颤抖着手写下了那份泣血的申诉状。这份状纸承载着他沉冤待雪的最后希望，由他新婚妻子詹彩凤——即杨詹氏的妹妹，怀抱坚定信念，奔波于杭州各大衙门之间，试图洗刷冤情。
一路申诉却处处碰壁，徒劳无功。面对一次次挫败，杨菊贞并未妥协，她深知弟弟的清白唯有通过最高途径才能昭雪，于是毅然决定亲自携带申诉状北上京城，直接向皇帝告御状。
初次上京之路充满艰辛，杨菊贞四处碰壁，财力几乎耗尽，孤立无援之际，幸得当时赫赫有名的红顶商人胡雪岩慷慨解囊，给予援助。虽然初次尝试告御状未能如愿，但她并未气馁。在同治十三年（1874年）炎炎七月，杨菊贞携同詹彩凤再次踏上了艰难的进京之旅。
这次，她们在胡雪岩穿针引线下，有幸接触到时任刑部官员的浙江同乡夏同善。夏同善的出现，仿佛一线曙光照亮了这对姐妹孤注一掷的申诉之路，预示着这场扑朔迷离的冤案将迎来峰回路转的关键转折。
在浓厚的乡土情谊驱动下，夏同善这位刑部官员伸出援手，为杨家姐妹铺设了一条寻求公正的道路。他建议她们逐一拜访京城内的三十多位浙江籍高官，并将满载冤情的状纸分别送达步军统领衙门、刑部以及都察院，力求扩大影响，唤醒更多正义之声。
同时，夏同善并未袖手旁观，他深知此案非同小可，遂果断将案情通报给刑部右侍郎翁同龢。翁同龢在详细审阅诉状后，深深被其中的冤屈激起义愤，遂奋笔疾书，起草了一份激昂的奏折，直呈慈禧太后和慈安太后两位宫中主宰。
慈禧太后在阅读奏章后，心中涌起同情之意，遂颁下一道震撼朝野的懿旨，特别指定浙江巡抚杨昌濬必须重启此案，彻底查明真相。
面对皇太后的亲自干预，杨昌濬不敢有任何怠慢，只得硬着头皮，调集了湖州知府锡光、绍兴知府龚嘉俊、富阳知县许嘉德以及黄岩知县陈宝善四位官员，组成了一个阵容强大的联合审查团队，共同对杨乃武与小白菜一案进行重新审理，以期拨云见日，还事件一个清晰的原貌。
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