萧燊每月都会召六部尚书、侍郎入宫议事，在御书房设下便宴，与他们边吃边谈，听取政务汇报。在一次议事中，谢明提出“推广新麦种以增加赋税”的建议——河南布政使柳恒培育出一种新麦种，亩产比旧麦种高两成，只是推广需要户部拨款购买种子。萧燊当即放下筷子：“民生大事，不能等！”他命户部即刻拨款五万两，支持柳恒扩大新麦种种植，还让礼部配合宣传，让百姓知道新麦种的好处。于擎提出“加强京营训练”，认为京营久未参战，战斗力有所下降，建议每月组织京营与边军进行对抗演练。萧燊当场同意，命蒙傲负责统筹，还开玩笑说：“若是京营输了，朕可要罚蒙大将军陪于侍郎去西北戍边三个月。”蒙傲笑着应下，君臣之间其乐融融。“朕给你们权力，就是要你们大胆做事，只要是为百姓、为国家，就算出了差错，朕也会为你们担着。”萧燊举起酒杯，与众人一饮而尽。
六部新官履新三月后，萧燊在一次早朝后留下沈敬之、虞谦与内阁阁员，在偏殿商议制定《六部官员考核细则》。“新官上任三把火，但这火不能只烧一时，要烧得长久。”萧燊坐在主位上，手指轻轻敲击桌面：“考核不仅要看政绩，更要看品行与民心。有些官员看似政绩斐然，却是靠盘剥百姓得来的，这样的官，就算能力再强，也不能用。”他提出考核核心标准：“分为‘政绩、品行、民心’三项，每项各占三成，还有一成看创新——看谁能想出更好的办法为百姓办事，为国家开源。”这个标准既重实干，又重品德，得到了众人的一致认可。
沈敬之根据萧燊的要求，牵头制定细则，他召集吏部考功司的官员，用了十日时间，将考核标准细化到每一个岗位：“政绩项，户部看赋税完成与账册清晰度，兵部看边防稳固与军饷发放，刑部看冤案平反数量与办案效率；品行项由都察院负责，每月暗访官员是否贪腐、是否推诿扯皮，甚至还要查他们的家风——家风不正的，品行多半有问题；民心项通过暗访百姓、收集民意确定，派御史乔装成百姓，去茶馆、市集听口碑；创新项看是否有改进政务的新举措，比如谢尚书的‘分账管理法’，于侍郎的‘军饷直达制’，都算创新。”虞谦补充道：“考核每月一次，季度汇总，年度评优，考核结果与升迁、奖惩直接挂钩——优秀者优先升迁，不合格者降职，连续三次不合格者革职。”
细则初稿完成后，萧燊亲自审阅，逐字逐句修改。看到“民心项”时，他提笔添上“若百姓为官员立碑、上书称颂，考核加一等”；看到“品行项”时，他加重语气批注“贪腐一两白银者，直接革职，绝不姑息”。他将修改后的细则放在众人面前：“考核不是目的，是要让六部官员时刻牢记‘为民办事’的初心。谢太保当年常说，‘官是百姓的仆人，不是主人’，你们要把这句话刻在心里。”细则颁布后，六部官员人人自危，以前那些敷衍了事、得过且过的官员，现在也开始主动下基层了解民情，生怕考核不合格被降职革职，官场风气为之一清。
第一个月考核结束后，考核结果被张贴在吏部公告栏上，引来百官围观。谢明因“盐课收入增长三成、账册厘清率达五成”获“政绩优”；于擎因“边军士气提升、军饷发放零差错”获“品行优”；江澈因“水利成本降低两成、江南百姓上书称颂”获“民心优”。三人被萧燊召入宫中嘉奖，各赐黄金百两、绸缎十匹，萧燊还特意赐给谢明一本谢渊的亲笔《财政策要》，赐给于擎一把当年于科用过的佩剑。与他们形成鲜明对比的是，一名户部主事因“虚报赋税完成度五千两”，被考核为“差”，当即被贬为县丞，收拾行李离京时，连头都不敢抬。这个结果让百官明白，陛下的考核不是走过场，是来真的。
为确保考核公平，萧燊命虞谦派御史乔装成商人、百姓，暗中调查官员的实际表现，防止“考核造假”。一次暗访中，御史发现礼部一名官员表面上清廉自守，私下里却收受考生的贿赂，为他们修改考试名次。御史将证据悄悄呈给萧燊，萧燊看完后勃然大怒：“科举是选拔人才的根本，竟敢在这上面动手脚，真是胆大包天！”他二话不说，下旨将该官员革职押入诏狱，还追责了他的上级——礼部尚书吴鼎因监管不力，被降俸三个月。此事在百官中引起巨大震动，再也没人敢在考核中弄虚作假，人人都知道，陛下的眼睛是雪亮的，任何小动作都逃不过。考核机制的推行，让六部的吏治根基愈发稳固。
六部人事调整中，萧燊提拔潜邸旧臣谢明与忠良之后于擎，引发部分世家勋贵的非议。吏部郎中李绅，出身百年世家，祖上曾出过宰相，他私下联络了五六名世家出身的官员，联名上疏称“陛下偏重潜邸旧臣与忠良之后，恐失世家之心”，请求“增加世家子弟在六部的名额，按家世背景分配官职”。这封奏疏递上去后，连部分老臣都觉得萧燊的举措有些激进，纷纷在朝会上旁敲侧击，希望他能“平衡各方利益”。一时间，朝堂上的空气有些紧张，不少人都在等着看萧燊如何回应。
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