履职兵部后，于擎立即推行“武将四考”制度：马术、箭术、兵法、军纪各占三成，不合格者一律淘汰。有前朝勋贵子弟因马术考核坠马，托人求情却被他严拒：“将军是保家卫国的梁柱，而非摆样的花瓶！”他大胆提拔十余名有战功的青年将领，同时改革军饷发放流程，实行“士兵签字直达制”，彻底杜绝克扣现象。当边军将士领到拖欠已久的军饷与冬衣时，不少人落泪感叹，参将赵烈奏报：“将士们已立誓，愿为于侍郎与新朝效死力。”
萧燊乘势调整六部人事，尽数起用遭权奸排挤的忠良之士：礼部主事贺安曾拒办权奸寿宴遭贬，升为侍郎专管科举公平；刑部郎中卫凛因平反权奸制造的“江南十才子案”被打压，升为侍郎掌京畿刑狱；工部郎中江澈阻扰权奸挪用河工银两被贬，升为侍郎协理水利建设。每一项任命都紧扣“务实清廉”标准，百官无不心服口服。
新官上任后各司其职，成效立显：谢明推行“分账管理法”，将账册按税种、地域分类，专人专责每月核查签字，财政混乱局面彻底扭转；王砚的“盐课登记制”堵住走私漏洞，盐商再不敢瞒报销量；贺安修订《科举监考细则》，设考官回避制与匿名举报箱，彻底杜绝舞弊隐患；卫凛推行“速审速结”制度，京畿案件三日内审结、地方案件七日内定案，百姓纷纷送“青天”牌匾至刑部。
江澈主持江南水利时，摒弃前朝“直线修渠”的劳民方案，改随地形弯曲开挖，减少拆房占地；采用“分段修建、轮流放水”之法，既不耽误农田灌溉，又将工程成本降低两成。于擎则淘汰老旧兵器，推广威力更强的连弩，组织京营与边军开展对抗演练，京营战斗力显着提升。短短一月，六部政令流转速度较此前提升五成，昔日需月余办理的事务，如今三日便可落地。
萧燊每月设便宴召六部主官议事，不谈虚礼只论实务。谢明提出推广河南新麦种，亩产可增两成但需拨款支持，萧燊当即批复五万两：“民生大事刻不容缓，钱不够从内帑补。”于擎请求加强京营夜间训练以防突袭，萧燊笑嘱蒙傲：“若京营在演练中输了，你便陪于侍郎去西北戍边三月。”君臣谈笑间敲定政务，氛围融洽而高效，萧燊举杯道：“你们尽管大胆做事，朕永远是你们的后盾。”
此时萧燊深察民间疾苦，延续休养生息国策。他翻阅三年来各地民生奏报，见江南桑麻因连年水旱灾荒价贱伤农，河南多地遭蝗灾颗粒无收，当即下旨减免江南桑麻税、河南全年农税。为防地方官阳奉阴违，他特意派御史巡按各地，逐户核查赋税减免落实情况，确保实惠真正直达农户手中，助力农业生产快速恢复。
新官上任三月，萧燊召沈敬之、虞谦商议制定《六部官员考核细则》，明确提出：“考核以政绩、品行、民心为核心，各占三成权重，余下一成看革新举措。”他着重强调：“靠盘剥百姓换来的虚假政绩，再亮眼也绝不录用；品行不端、民怨沸腾者，即便资历再深也要罢黜。”这一标准紧扣“为民”核心，获众人一致认同。
沈敬之据此细化考核条目：户部以赋税收缴、国库充盈为政绩核心，兵部以边防稳固、军饷到位为关键，刑部以平冤效率、司法公正为指标；品行由都察院每月暗访核查，连家风家教都纳入考量；民心则靠御史乔装下乡，收集百姓口碑评价；革新举措如谢明的“分账法”、于擎的“军饷直达制”，皆可作为加分项。虞谦补充建议：“实行月考核、季汇总、年评优制度，考核结果直接与官职升降、俸禄增减挂钩。”
萧燊亲改细则草案，特意添上两条铁规：“百姓立碑称颂者考核加一等”“贪银一两以上者即刻革职，永不叙用”。他将修改后的稿本拍在案上：“谢太保曾说‘官是民之仆’，这句话要刻在每个官员心里。”细则正式颁布后，此前敷衍塞责的官员皆不敢懈怠，纷纷主动赴基层办实事，官场风气为之一清，百官终于明白，新朝考核绝非走过场。
首月考核结果张贴于吏部公告栏时，引来百官围观：谢明因“盐课收入增长三成、漕运效率提升六成”获政绩优秀，于擎以“军饷零差错、边防无战事”获品行优秀，江澈凭“治水利民获百姓上书称颂”获民心优秀。三人入宫受赏，萧燊将谢渊生前使用的砚台赐予谢明，把于科的旧佩剑赠予于擎，勉励他们传承父辈忠良之风。而户部一名主事因虚报赋税数据求政绩，被直接贬为县丞，低头离京时无人敢为其说情。
虞谦深知考核易生舞弊，特意派御史暗访督查。很快便查出礼部一名官员收受贿赂，为考生修改名次以提升自己分管的科举“成效”。证据呈至萧燊面前，他怒不可遏：“科举是选拔贤才的根本，竟敢如此胆大包天！”当即下旨将该官员革职下狱，追责礼部尚书吴鼎监管不力，降俸三月。此事震动朝野，此后再无人敢在考核中弄虚作假，严苛的考核制度让吏治根基愈发稳固。
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