抓捕行动在多地同步展开。玄夜卫兵士身着夜行衣，悄无声息地突袭各地目标据点，先后在京郊、江南、西北等地抓获魏党余孽十三人，缴获大量密信、兵器与赃款。这些余孽对勾结贺安、意图阻挠新政的罪行供认不讳，交代了他们计划在边防、民生等领域制造混乱的阴谋。其中一名余孽供认，他们正准备在江南灾区散布“新政苛政”的谣言，煽动流民闹事，幸得此次抓捕及时，才避免了一场大乱。
此次抓捕行动大获全胜，彻底摧毁了贺安背后的魏党余孽网络，消除了新政推进的重大隐患。消息传开，天下百姓拍手称快，纷纷称赞萧燊“雷霆手段，肃清奸佞”，新政的民心基础愈发稳固。
科举舞弊案与魏党余孽勾结案的核心人员悉数落网后，萧燊令三法司（刑部、都察院、大理寺）联合审理此案，确保审判公正严谨，不偏不倚。郑衡、虞谦、卫诵三位主官协同审理，逐一梳理涉案人员的罪行，依据《大吴律》及新政新增的“阻挠选贤”“贪墨舞弊”等重罪条款，拟定判决意见，确保罪刑相当。
经审理查明，贺安主导科举舞弊、勾结魏党余孽谋逆，罪行极其严重，拟判处死刑，押赴闹市斩首示众，剥夺全部财产；礼部主事王怀安协助舞弊、传递消息，拟判处流放三千里，终身不得回京；翰林院编修刘敬之（已死）参与舞弊、收受贿赂，虽已身亡，仍剥夺其身后荣誉，抄没家产，告示天下；三十余名涉嫌舞弊的考生，取消考试成绩，终身不得应试，其中情节严重、主动参与勾结者，判处监禁一年；在查案过程中推诿塞责、包庇舞弊的二十余名地方官吏，一律革职查办，永不录用。
判决意见呈交萧燊后，萧燊审阅完毕，当即批准：“准三法司所拟判决，即刻执行！所有涉案人员的罪行与判决结果，均布告天下，以儆效尤！朕要让天下人知晓，新政之下，无论官阶高低、背景深浅，只要触犯律法、破坏公平，必遭严惩！”他特意强调，此案的审判要“以谢公之法为鉴，秉持公正，肃清吏治”，彰显新政整肃风气的决心。
行刑当日，京城百姓纷纷涌至刑场围观，对贺安等罪大恶极之人的判决拍手称快。当贺安被斩首的消息传开，各地百姓也奔走相告，称赞朝廷“为民除害，维护公平”。布告张贴至全国各地后，天下士子深受鼓舞，纷纷表示“新政清明，科场公正，寒门有志者终能施展抱负”，报考科举的热情愈发高涨。
此次判决，不仅彻底肃清了科场舞弊的毒瘤，更沉重打击了魏党余孽的嚣张气焰，彰显了新政“吏治清明、选贤公正”的核心宗旨。萧燊在御书房对群臣说道：“科场清源，只是新政整肃吏治的第一步。今后，凡涉及选贤、民生、军政的要务，都必须严守公正底线，谁敢触碰红线，朕必严惩不贷，绝不姑息！”
科举舞弊案查处完毕后，萧燊令礼部牵头，结合此次案件暴露的问题，修订《科举新则》，完善科举制度，从根源上堵塞舞弊漏洞。吴鼎接到旨意后，召集礼部官员、翰林院编修及部分公正廉明的大臣，召开多轮专题会议，反复研讨修订方案，力求制度严谨、可操作性强。
经过半月打磨，《科举新则》修订稿最终成型，新增多项防舞弊硬核措施：一是实行“糊名誊录”双保险制度，考生试卷统一由专人用朱笔誊录，阅卷官看不到考生姓名、籍贯等原始信息，同时试卷题号随机打乱，杜绝阅卷官徇私；二是强化阅卷流程监管，推行“三人联审、交叉复核”制度，每份考卷需经三名阅卷官分别审阅打分，再由两名复核官汇总，最终由礼部尚书审核，避免单人阅卷的疏漏与舞弊；三是严格考生资格审核，由吏部、礼部、都察院联合成立审核小组，核查考生身份背景，排除魏党余孽亲属及有劣迹者应试，确保考生身份清白；四是设立“科举督查御史”，由都察院直接派驻贡院，全程监督考试、阅卷、放榜全流程，拥有随时弹劾违规人员的权力。
同时，修订稿还明确了科举舞弊的追责机制，细化量刑标准：凡参与舞弊的考生，终身不得应试，情节严重者追究刑事责任；涉案官员、阅卷官，一律革职查办，贪腐数额巨大或造成严重影响者，判处流放或死刑；督查官员若发现舞弊线索未及时上报，或包庇舞弊，与舞弊者同罪论处；贡院管理人员若因失职导致舞弊发生，降三级调用，情节严重者革职。此外，为鼓励寒门士子应试，修订稿还规定，各地需为寒门士子提供应试路费与食宿补贴，在贡院附近设立“寒门士子驿站”，保障其顺利参与考试。
《科举新则》修订稿呈交萧燊后，萧燊令内阁与三省审议。周伯衡等内阁阁老一致认为，修订稿措施具体、权责明确，能够有效防范科举舞弊，保障选贤公平，纷纷表示赞同。萧燊当即批准颁布实施，并下旨：“自下科起，严格执行《科举新则》，礼部、都察院需全程督查，确保制度落地见效。若再有科场舞弊事件发生，相关主管官员一并治罪，绝不宽宥！”
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