各州县押送匪徒到省城的情况逐渐增多，经过严刑审讯，每日都有斩首示众或杖毙的案件。前后处决的匪徒达两百余人，湖南境内的匪徒听闻风声后纷纷收敛行迹。李瀚章在己酉年通过选拔朝考，曾是曾国藩的门生，当时代理湖南益阳县知县，他上书曾国藩，劝其减缓刑罚，但曾国藩并未采纳。
安化县蓝田市有串子会匪徒聚众图谋作乱，曾国藩命令湘乡县知县朱孙诒率练勇前往镇压，擒获匪徒百余人，事态得以平息。
桂东县遭到江西、广东边境匪徒流窜入侵，县城失陷。曾国藩与骆秉章联合下令，派张荣组率领三厅兵勇前往剿匪，又调候补道夏廷樾率领七百余名湘勇增援。不久，桂东县匪患平定。骆秉章随后增募一营湘勇，由监生邹寿璋统率。
欧阳夫人带着子女离开京城返回湖南，她的兄长欧阳柄铨随行护送。五月初三日抵达长沙，不久便回到湘乡老家。
曾国藩的弟弟曾国葆招募了一营湘勇，驻扎在长沙南门外。江忠源上奏请求招募训练三千名楚勇，前往江南协助剿匪。朝廷批准了这一请求。曾国藩便写信给江忠源的弟弟江忠濬、江忠淑以及宝庆知府魁联，命他们招募宝勇。同时，他命令湘乡县知县朱孙诒招募湘勇，到省城操练后派往江南大营，与江忠源的旧部合编为一军，以增强其声势。
四月初七日，江忠源率部从湖北东进，抵达九江时，正遇数百艘敌船从南京逆流而上，再次攻陷安庆后直扑湖口，兵锋直指南昌省城。江忠源原驻守九江，闻讯后十日间急驰至南昌布防。刚完成初步防御部署，敌军已兵临城下。经全力抵御，敌军未能得逞。江忠源紧急发檄文向湖南求援，湖南闻知邻省告急，民心为之震动。
曾国藩原计划六月回乡举行周年祭礼，但湖南官绅都倚仗他主持防务。于是他命令张荣组率部驻守永州，王錱驻守郴州，以防备南路土匪；同时调夏廷樾、罗泽南率领湘勇返回省城。此时接到朝廷谕旨，因南京敌军战船向上游进发，有回攻长沙并袭扰南昌的动向。圣旨命令各省督抚严加防范，并令曾国藩与骆秉章共同筹划防御。骆秉章发文提督鲍起豹调兵来省城驻防，并下令所招募的三千名宝勇、湘勇留在长沙待命。
六月十二日，曾国藩与骆秉章联名上奏办理防堵事务的折子。曾国藩又单独上奏称：已着手搜捕土匪，并随时依法处决。省局增派候补知县厉云官负责审讯各类案件，初步理清头绪。臣母丧期刚满一年，本拟返乡举行周年祭礼，但适逢听闻粤匪回窜江西，臣理应留在省城参与筹划防务，不敢因职权所限、军务生疏而稍有推脱。
同日，曾国藩又与骆秉章联名上奏弹劾长沙协副将清德，请求革除其职务以惩戒懈怠、整肃军纪。另单独上奏保举署理抚标中军参将塔齐布和千总诸殿元，恳请破格提拔。并声明若二人日后有临阵退缩行为，愿与之一同治罪。随奏附片特别参劾副将清德沉溺安逸、荒废军务等罪状，请交兵部从重惩处。
江忠淑招募新宁勇一千人，朱孙诒招募湘乡勇一千二百人，都抵达长沙。曾国藩命令江忠淑率部从浏阳开赴江西，朱孙诒从醴陵前往江西，夏廷樾、郭嵩焘、罗泽南则率兵勇一千四百人随后从醴陵跟进。总计援救江西的兵勇共三千六百人，这是湘勇首次出境剿匪。
二十二日，曾国藩与骆秉章联名上奏调派兵勇赴江西增援剿匪的奏折。
当时湖南调集各路兵勇数千人驻守省城，塔齐布每日抽调兵勇操练检阅，即使酷暑暴雨也不间断，曾国藩对其勤勉大加赞赏。提督鲍起豹抵达省城后，公开宣称盛夏操练士兵不合时宜，导致各营官兵都对塔齐布和曾国藩心生怨恨。期间又屡次发生绿营兵与湘勇争执冲突之事。此前被曾国藩弹劾的副将清德，正是依附鲍起豹而与塔齐布为敌之人。
曾国藩的奏折呈递后，二十九日接到圣旨：“塔齐布着赏加副将衔，诸殿元以守备补用并先行更换顶戴，以示嘉奖。”又奉上谕：“曾国藩奏请将沉溺安逸、荒废军务之副将革职治罪一折，清德着即革职拿问，交张亮基、骆秉章审讯定罪后具奏。”这些处置使得绿营官兵对曾国藩的怨恨更加深重。
七月，曾国藩见省城防务已初步安排妥当，派往江西的援军也已出发，便返回家乡探亲。在家小住数日后，又回到长沙。此时新宁勇援军行至江西瑞州时遭遇敌情溃散，后在义宁重新集结继续前进。湘勇援军于七月十九日抵达南昌，二十四日与敌军交战遭遇小败，营官谢邦翰、易良干、罗信东、罗镇南四人阵亡，湘勇战死八十余人。罗泽南原为秀才讲学，许多湖南士子曾从其受业，此役阵亡的军官都是他的学生。
太平军进攻南昌，多次用挖地道的方式炸城墙，官军竭力堵截防御。江忠源又写信给曾国藩，指出长江上下游任由敌军战船肆意往来，官军却无人敢阻拦。当前最紧要的是必须立即筹办船炮，打击水上的敌军。当时郭嵩焘在江忠源幕府中，极力主张建立水师。咸丰皇帝给各地督抚的谕旨中也多次提及此事。曾国藩与巡抚骆秉章商议后上奏，请求调遣广东琼州的红单船驶出大洋，从崇明进入长江口，在下游攻击敌军；同时调集广东内江的快蟹船和拖罟船，由梧州府江逆流而上，经漓江过斗门，再沿湘江进入长江，形成上下夹击之势。筹建长江水师的计划，由此开始。
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