三月初五日，曾国藩紧急上奏，提请补授长江水师各职缺，并续陈未尽事宜十条。奏折中称：当初在衡州试办水师时，并无先例可循，经过多次尝试与调整，才逐渐推广完善。如今已奏定章程，确立为正式条例，虽不敢说制度已尽善尽美毫无弊端，但望数十年后，总督、巡抚、提督、总兵等官员能随时修正补充，遇事详加考究。期望将才辈出，使水师制度历久弥新，这是臣等衷心祈愿的。另上奏折报告总兵张诗日病故，请求抚恤，并请朝廷加恩赐予谥号。奉旨赐谥“勤武”。
曾国藩又上奏，将去年江北地区的冬季漕粮全部改为海运，并详细拟定海运章程十条，附清单呈报。另附片奏报江北漕粮实际起运数量。又附片奏报甘肃军饷的筹解比例。再附片奏请允许陆军武职中高衔官员借补低阶职位，请兵部审议批准。还附片保举总兵王可升、章合才、易致中三人，认为他们都足以胜任独当一面的军事重任。
二十日，曾国藩撰写《灵谷龙神祠碑记》。
二十八日，曾国藩的夫人欧阳氏抵达官署。
四月初一日，江南地区阴雨连绵，曾国藩前往神庙祈求天晴。
李瀚章调任浙江巡抚。初四日，途经金陵时拜会曾国藩。
初七日，曾国藩上奏结案，处理去年霆字营在襄阳闹军饷事件，查办相关营官、哨官，审明案情后拟定处置方案。同时奏报上海铁厂制造火轮船及广东艇船事宜，认为仍需调整营制，参考西洋方法改进，计划与丁日昌共同实地考察后，再拟订外海水师章程上奏。
二十日，曾国藩调取验收船厂建造的八团舢板进行检验。
二十四日，曾国藩从金陵乘船启程，其子曾纪泽随行。二十六日，抵达扬州，查验盐运使司库银。
二十九日，登临金山寺，观赏苏轼遗留的玉带，并作诗以记此事。随后又登焦山游览。
当月，直隶地区的捻军流窜至运河以东，分兵侵扰山东东昌府、武定府等地。时值黄河以北汛期水势上涨，官军扼守运河围困捻军。
闰四月初一日，曾国藩的船停泊在丹阳。初二日，船至常州停泊。初三日，抵达苏州省城，在此停留五日。初八日，离苏巡视李朝斌统领的太湖水师，随后启程前往上海，丁日昌随行。途中接到上谕：“授曾国藩为武英殿大学士。钦此。”
初十日，抵达上海后驻于铁厂，视察轮船与洋炮的制造进展。法国领事白来尼等外国官员前来拜会。
十四日，曾国藩会同其他官员上奏，请求调拨军饷支援直隶，并汇总陈述近年来协助拨付陕甘军饷的情况。同时奏请提取三十万串制钱，通过轮船运往天津，请求按照银价折算抵充京饷。另附片奏报：上海原有两艘旧式轮船无法远航外洋，恰逢福建华福号轮船来沪，当即下令调其前往天津，以备沿海巡防之用。
曾国藩专折上奏，表示已遵旨派员火速赶赴合肥，催促刘铭传结束休假，立即前往直隶、山东军营。奏折中详细陈述：在剿捻的各路军队中，论谋略与勇猛当属刘铭传最为突出，但承受劳苦疲惫最深的也唯有刘铭传所部。回想今年京畿地区的警讯，若非去年先歼灭任柱、赖文光部捻军，大局将不堪设想！恳请在朝廷谕旨中嘉奖其功勋谋略并慰劳其艰辛，如此则圣旨中一字褒扬，远胜臣等千万封书信的劝勉。当日，曾国藩呈递奏折后，登船巡视吴淞口、狼山、福山等地驻防军营。
十五日，曾国藩乘轮船返回金陵官署。
五月初八日，他专折上奏叩谢皇帝恩典。同时附片奏报：提督黄翼升、总兵欧阳利见率领的水师已开赴济宁。并奏明已查看山东黄河防务，提督刘松山正在增募湘勇，已命湖南盐局拨银二万两，以保障其迅速成军开拔。
六月十八日，曾国藩专折上奏江北水灾赈济银两数目，并呈报赈灾账册以备核销。另上奏折陈述李鸿裔病情，请求准其离职调养。又上奏折报告总兵娄云庆已完成裁撤营伍事宜，请求准其离职回乡奉养双亲。附片奏请保举总兵谭胜达、王衍庆二人。再上奏折呈报第二十九批忠义事迹采访结果。附片奏请：已故总兵张运桂应配祀于其兄张运兰专祠。同时奏请为常州殉难乡绅史承简等全族一百二十人建立史氏忠节专祠；全椒县知县孟煊殉职，请为其建立专祠。
当月，刘铭传启程前往直隶。当时湘军、淮军各将领齐聚京畿地区，朝廷诏令都兴阿前往天津督师。
七月，彭玉麟完成长江水师整编事务后，上奏请求辞去兵部侍郎职务，补行守孝之礼。朝廷下旨批准其请求。
官军联合围剿捻军，将其彻底平定。捻军首领张宗禹败逃至直隶后身亡，山东境内叛乱肃清。李鸿章以湖广总督身份兼任协办大学士，刘铭传受封一等男爵，各地督抚及将领均按功绩获得不同封赏。初十日，朝廷颁布上谕：“曾国藩筹办淮军后路军需物资，使李鸿章等得以完成平叛大业，着令吏部从优议定嘉奖。钦此。”
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