火势凶猛，而在那熊熊烈焰之中，隐约可见一个人影正在挣扎！
“啊，糟了！有人！有个人在火里面！” 有人惊叫道。
众人奋力灭火，最终在火势被控制后，在烧毁的救生艇箱子残骸中，发现了一具已被烧得面目全非的尸体。
通过残存的衣物和随身物品，确认这具尸体正是鲸井定雄。
那么，是谁杀了鲸井？是谁完成了这最后的复仇？
柯南与平次将所有的线索汇集在一起：对20年前往事的深刻了解、策划整个旅行团的周密、利用旧钞和“古川大”之名将相关者聚集、以及对那四位背叛者刻骨的仇恨……所有的矛头，都指向了那个看似最不可能、也是最被忽视的人。
在众人惊愕的目光中，真相被揭露：
真正的幕后策划者与最后的凶手，正是那位矶贝渚——！
而她的真实身份，是达才三的女儿。
20年前，她父亲被同伙背叛“杀害”后，她和母亲背负着“罪犯家属”的污名，生活陷入了无尽的痛苦、贫困与绝望之中，母亲最终也郁郁而终。
她活着的唯一目的，就是为父亲复仇，让所有背叛者付出代价。
她精心策划了这次“交响乐号”之旅，利用父亲的旧日名声和他们对赃款的贪念，将当年参与背叛的三个同伙——鲸井、蟹江、龟田——全部聚集到船上。
她先利用鲸井的贪婪和恐惧，与他合作实施了“身份互换”的诡计，实则是为了利用他杀死蟹江，并最终将他引入自己设下的死亡陷阱——那个着火的救生艇箱子。
而她本人，则亲手杀死了龟田照吉。
在一切真相大白之时，矶贝渚（达才三之女）站在船舷边，身上绑满了炸药，意图与这艘承载着她痛苦回忆和复仇罪业的船同归于尽。
她的仇恨已经得到了宣泄，但内心也只剩下无尽的空虚和绝望，她认为自己是“黑影”的女儿，注定无法活在阳光之下。
关键时刻，小兰的话语穿透了她冰冷的绝望。
小兰对她说：“你和你父亲，其实一直都在逃避吧？逃避着彼此真正的感情。”
鲛崎组长也补充了搜查到的信息：矶贝渚的母亲在临终前，曾收到过一笔来自无名氏的巨额汇款。这显然是隐姓埋名的达才三，在暗处对妻女无声的守护与忏悔。他并非完全冷酷无情的罪犯，他对家人怀有深刻却无法直面感情。
最终，在众人（尤其是小兰充满同理心的劝说）和父亲可能尚在人间、并以自己的方式爱着她们这一丝微弱却温暖的希望感召下，海老名稔放弃了自爆的念头，泪水决堤，被警方控制。交响乐号事件，最终以一场惨烈的复仇悲剧画上了句号。
20年前的阴影，最终以这样的方式消散。法律虽然因追诉期已过无法制裁达才三本人，但仇恨的连锁反应却吞噬了他的女儿和所有当年的背叛者。
柯南与平次站在晨曦微露的甲板上，望着逐渐恢复平静、仿佛能吞噬一切秘密的大海，心中充满了对人性复杂与命运无常的沉重思考。海浪依旧拍打着船身，但纠缠了二十年的恩怨情仇，终于随着“交响乐号”的艰难返航，缓缓沉入了记忆的深海。
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