在美纪对突然出现的莱特乱发脾气的时候，另一个地方正有新的进展发生，同时多个真相被揭开。
时间稍微回溯……
第一，毛利小五郎获释。
查明本次事件中黑客组织Nor被利用，通过毛利小五郎的电脑作为访问途径，并且导致爆炸的压力锅是因物联网远程操控而起火爆炸的，因此洗清了毛利小五郎的嫌疑。
第二，关于出现在小兰她们面前的律师·橘境子。
根据橘至今的行动，柯南委托了英理的秘书栗山绿调查境子。于是查明橘境子去年“关闭了事务所”。原因是当时的事务员【羽场二三一】侵入了某家游戏公司，引发了被捕的事件。而羽场在拘留所接受公安警察审讯后自杀了。
虽然后来柯南暗中调查这些信息的事被橘本人知晓了，但橘本人虽然表现出些许不快，却并未责备柯南他们。然后，她以小五郎获释为由，说自己任务完成，便主动离开了柯南他们身边……
然后是最后的第三点。
这些事件之后，前来通知小兰他们小五郎获释消息的白鸟带来了新情报。
那就是目前日本警方正在委托美国的NAZU进行调查。
NAZU去年发生过利用Nor的非法入侵事件，以此为契机，追踪Nor用户的系统在NAZU完成了。
警方这次打算利用该系统，锁定制造本次事件的犯人。
但是……
目前NAZU正忙于今天预定在太平洋着陆的宇宙探测器·白鸟，根本无暇他顾。
柯南根据至今发生的事件以及收集到的信息，察觉到了某件事。
那也是令人恐惧的可能性——
柯南立刻离开妃法律事务所，恰巧遇到了在自己手机上安装了窃听器的安室透本人，随后便与安室一同前往了发动物联网恐怖袭击的犯人所在地。
地点是东京地检……检察厅。
在人们登上各处停靠的大型人员运输车时，柯南他们却逆着人流进入了建筑物。
进入大厅，许多人从柯南他们身边走过，其中一人……一边在意着手机，一边试图从他们身边走过。
柯南用小小的手掌抓住了那个人的手臂。
———那是日下部检察官的手臂。
因被柯南抓住而脱手的手机。屏幕上排列着漆黑的数字和字母，中央显示着错误提示。
那正是NAZU地面站能看到的数据。
柯南向日下部检察官揭露了真相。
在警方还认为起火物是“高压电缆”的时候，日下部检察官提交的证据清单中混入了只有犯人才可能知道的证物——压力锅的碎片。
由日下部检察官负责去年发生的“NAZU非法入侵案”的庭审资料这点可知，他模仿了过往案件的手法实施了网络恐怖袭击。
……以及，因使用过往手法而产生的失误。
得知NAZU拥有追踪非法入侵犯系统的日下部检察官，使用植入后门的Nor进行访问，伪装成物联网恐怖袭击，点燃了上司的手机。
为了误导警方锁定替罪羊……。正因如此，柯南才向日下部检察官指出了这次物联网袭击时机蹊跷这一点，并向他揭示了至今为止事件的详情。
日下部检察官脸色大变，从捡起手机的安室手中夺过手机，当场逃走。
追赶其后的柯南和安室，发挥出他们顶尖的身体能力，成功制服了日下部检察官。
日下部检察官或许是终于死心了，坦白了他至今犯案的动机。
权力过大的公安警察。
正因如此才无法伸张正义的公安检察。
只要公安警察的威信彻底崩塌，就能夺回公安检察的力量。
并且——引发这次事件的最大动机。
那就是过去，日下部检察官的“协助者”羽场二三一的存在。
在日下部检察官的指示下，犯下盗窃罪的羽场被公安警察逮捕，被移送至拘留所的羽场在公安警察审讯后——……自杀了。
日下部检察官无法原谅自己，同时憎恨着公安警察。
然而，日下部检察官终于被告知。
羽场的死是“公安警察”“制造”的……。
当时，审讯羽场的公安警察得知羽场是公安检察官的协助者，为了让羽场放弃过去的人生。为了掩盖公安检察官使用协助者的事实……。
并且为了让公安检察官不再培养协助者，这件事也对日下部检察官隐瞒了……。
日下部检察官不得不相信柯南展示的、活生生说着话的羽场二三一的存在，以及公安警察·降谷的话语。
柯南质问流泪的日下部检察官。日下部检察官内心挣扎。
就在此时，仿佛要给日下部最后一击般，从柯南手机上显示的警视厅直升机坪，羽场发问了。
『日下部先生。这就是我所相信的、您的正义吗？』
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“…代码认证成功。
听说修正了探测器的轨道。”
安室一边听着风见的联络，一边告诉柯南他们。
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